24 июня 2014 года патриархом Московским и всея Руси Кириллом был утвержден эскизный проект собора.
В 2015 году был выделен участок под строительство — был возведен временный малый деревянный храм. В августе 2016 года начались подготовительные работы, а с 5 по 6 декабря 2016 г в течение суток осуществлялась заливка плиты Спасо-Преображенского собора.
10 декабря 2016 г., в праздник иконы Божией Матери, именуемой «Знамение», по окончании литургии глава Кубанской митрополии митрополит Екатеринодарский и Кубанский Исидор возглавил чин закладки камня в основании кафедрального Спасо-Преображенского собора г. Ейска.
Его Высокопреосвященству сослужили епископ Ейский и Тимашевский Герман, епископ Новороссийский и Геленджикский Феогност, духовенство Кубанской митрополии.
В основание храма были положены камни со святой горы Фавор (Горы Преображения), возливался елей, привезенный из Храма Гроба Господня в Иерусалиме, взятый от Камня Помазания, Святая вода для окропления привезена из реки Иордана.
В настоящее время строительство продолжается, богослужения совершаются в малом деревянном храме.
Храм открыт ежедневно — с 08:00 до 18:00.
Божественная литургия совершается в субботу и воскресенье, в дни двунадесятых и больших церковных праздников — в 07:30 (будни), 08:30 (воскресенье).
Вечернее богослужение совершается накануне в 16:00.
Настоятель: Иерей Дмитрий Самохин